使用拉卡拉POS机刷信用卡时被多扣了99元，这种情况可能由以下几种原因造成：

1. 运营服务费：
   • 根据拉卡拉的相关政策，可能会对距离上次扣费满180天的终端收取99元的运营服务费或网络服务费。这是为了覆盖POS机在使用过程中产生的网络通信等运营成本。
   • 商户可以检查自己的POS机使用时间和上次扣费时间，以确认是否因此被扣费。
2. 系统错误或误操作：
   • 在极少数情况下，由于系统错误或操作失误，可能会导致额外的费用被扣除。
   • 商户可以保留好交易凭证，如小票、电子凭证、银行扣费信息等，以便后续追讨被多扣的费用。
3. 代理商或第三方服务费用：
   • 如果商户是通过代理商或第三方机构办理的POS机，可能会存在额外的服务费用。
   • 商户需要确认是否与代理商或第三方机构签订了相关协议，并了解具体的费用构成。

为了解决这个问题，商户可以采取以下步骤：

1. 确认扣费原因：
   • 首先，商户需要确认被扣费的具体原因，可以通过查询交易记录、联系银行或拉卡拉客服等方式进行核实。
2. 保留交易凭证：
   • 商户应保留好每一笔使用POS机进行交易的小票、电子凭证、银行扣费信息等，这些凭证是追讨被多扣手续费的重要依据。
3. 联系客服：
   • 一旦发现被多扣服务费，商户应立即与POS机的代理商或拉卡拉支付公司客服联系，说明情况并要求退还多扣的费用。
   • 商户可以通过客服电话、在线客服或邮件等方式进行沟通，并提供相关的交易凭证和扣费信息。
4. 投诉与维权：
   • 如果与代理商或支付公司沟通无果，商户可以向相关监管部门进行投诉。
   • 在投诉时，商户应详细说明情况，并提供充分的证据。
5. 法律途径：
   • 如果以上途径均无法解决问题，且被扣费用金额较大，商户可以考虑寻求法律帮助。
   • 通过法律途径来维护自己的合法权益。

总之，商户在使用拉卡拉POS机时，应充分了解相关费用和政策，并定期检查交易记录和银行扣费信息，以便及时发现并处理任何异常扣费。