使用拉卡拉POS机刷5万元，既可以选择直接刷卡，也可以选择扫码支付，但两种方式在手续费上存在差异。

手续费比较

1. 直接刷卡：

   • 储蓄卡：手续费率通常为0.5%，但设有手续费上限，如20元或25元（具体上限金额可能因POS机型号或政策调整而有所变化）。因此，如果刷5万元储蓄卡，手续费可能不会超过这个上限。
   • 信用卡：手续费率通常为0.6%，且不设上限。因此，刷5万元信用卡的手续费为300元。

2. 扫码支付：

   • 使用微信、支付宝等主流扫码支付方式，手续费率通常为0.38%。因此，刷5万元扫码支付的手续费为190元。

分析与建议

1. 手续费成本：从手续费成本来看，扫码支付的手续费更低，对于商家而言更具经济性。
2. 交易限额：虽然扫码支付的手续费更低，但单笔交易限额通常较低。如某些服务商规定扫码支付的单笔限额为5000元，单日限额为5万元。因此，如果交易金额较大，可能需要分多笔进行支付。而直接刷卡则通常没有这样的限制，更适合大额交易。
3. 安全性与便捷性：直接刷卡和扫码支付在安全性和便捷性上各有优势。直接刷卡需要持卡人将卡片插入POS机并输入密码进行验证，相对更安全；而扫码支付则更加便捷，只需出示二维码即可完成支付。

综上所述，如果交易金额较大且商家希望降低手续费成本，可以考虑使用扫码支付（在限额范围内）；如果交易金额超过扫码支付的限额或商家更注重交易的安全性，则可以选择直接刷卡。在实际操作中，商家应根据自身情况和客户需求来选择最合适的支付方式。